乙巳年，即太康六年年初，陈群向晋武帝上奏，认为吏部无法全面且准确地考察审核天下的士人，所以建议在各郡国分别设置中正官，在州一级设置大中正官。这些中正官都从当地人士中选拔，并且要担任着朝廷官职，同时需是品德高尚、才能出众之人。他们的职责是对士人进行评定并划分等级，共分为九品。如果有士人言行修养卓著，就提升其等级；若在道义方面有所缺失，则降低其等级。吏部依据这些评定结果来补充朝廷的各个官职。然而，这个制度施行时间一长，就出现了问题，有些担任中正官的人并不称职，各种弊端日益滋生。
太尉刘毅入朝后，向晋武帝呈上一道奏疏，其中写道：“如今陛下设立中正官，确定九品评定制度，这些中正官可以随意决定士人的高低等级，掌握着他人的荣辱。他们操持着如同君主一般的威权和福运，夺取了朝廷的权势。在公事方面，他们没有考核校验的依据；在私事上，也不担心有人告发自已的奸邪行为。于是，他们随心所欲，通过各种手段为自已谋取利益。如此一来，廉洁谦让的风气荡然无存，争讼的不良习俗却逐渐形成，我私下里都为朝廷感到羞耻。中正官制度的设立，对朝政有八大损害：评定等级时，往往依据势力的强弱来决定高低，是非判断也随着势力的兴衰而改变。同一个人，在短短十天内，其评定等级就可能截然不同。而且，上品中几乎没有出身寒门的人，下品中也不会有有权有势的家族成员，这是其一；朝廷重视中正官的职责，却没有慎重选择合适的人选，导致各种不实的议论在州里横行，大臣之间也因此产生了嫌隙，这是其二；对士人的优劣评定标准混乱，本末倒置，这是其三；禁止士人申诉，使得那些受到冤枉的人无法让朝廷知晓自已的冤情，这是其四；只在官府中收集赞誉之声，却轻信流言蜚语中的诋毁之词，这是其五；抑制实际的功绩，却推崇虚名，助长了浮华之风，废弃了对官员的考核，这是其六；不考虑人才适合担任什么职务，只是简单地将他们评为九品，这是其七；中正官们各自根据自已的喜好和憎恶来评定士人，以此培植自已的私人势力，如此一来，天下的人怎么会不放松对自身德行的修养，而专注于钻营人事关系呢？这是其八。由此看来，中正官这个职位，实际上成了产生奸邪的场所；所谓的九品评定制度，却有八大损害。从古至今，没有比这更大的失误了。我认为应该废除中正官制度，取消九品评定，摒弃曹魏时期的这种弊端重重的制度，重新建立一套符合我朝的美好制度。”晋武帝看完奏疏后，心中颇为赞赏，但最终还是没有对制度进行改革。
侍中王济之前因为劝谏晋武帝应该亲近齐王的事情，被免去官职已经有很长时间了。如今齐王已经去世，晋武帝便对何峤说：“我打算先责骂王济，然后再恢复他的官职，你觉得怎么样？”何峤回答道：“王济才智出众且性格豪爽，恐怕不会轻易屈服。”晋武帝派人将王济宣召进宫，责备他说：“你知道惭愧了吗？”王济毫不畏惧地回答：“‘尺布斗粟’的歌谣，常常让我为陛下感到惭愧。别人能让亲近的人变得疏远，而我却无法做到让亲近的人疏远，我只是因为这个才对陛下感到愧疚。”晋武帝听后，默默无言，流下了眼泪，随后恢复了王济侍中的官职。
齐王司马攸去世后，各种天灾异象屡屡出现：河南、荆州、扬州等地发生了大水灾；八月初一出现了日食；冬天，慕容廆率领五万大军侵犯辽西，辽西郡守章明率兵抵抗，战败身亡，辽西的州郡也因此失陷。太庙的殿堂塌陷，流星如同雨点般坠落。有人认为这些变故是因为齐王死得冤枉，所以才会出现这样的情况。
慕容廆侵犯辽西后，晋武帝非常担忧。群臣上奏说应该下诏招安慕容廆，封他为鲜卑都督，这样他自然就会投降。晋武帝采纳了这个建议，派遣使者带着诏书前往辽西，命令东夷校尉拿着符节封慕容廆为鲜卑都督，并让他前来投降。使者带着诏书进入辽西，见到了东夷校尉何龛，然后派人将诏书的内容告知慕容廆。慕容廆得知后非常高兴，就穿着士大夫的礼服，戴着头巾前往何龛的府门投降。何龛担心慕容廆有诈，于是整顿军队，以戒备的姿态接见他。慕容廆见状，便退了出去，然后换上了军装再次进入。他的左右随从询问原因，慕容廆说：“主人不以礼相待，客人又何必以礼回应呢？”何龛听说后，感到非常惭愧。于是，何龛手持符节，打开诏书宣读。慕容廆跪在地上，听完诏书后，谢恩起身。就这样，慕容廆投降了晋国，接受了鲜卑都督的印绶，收起军队，迁徙到徒河西山去了。
晋武帝一直沉迷于声色之中，最终导致身体患病。当时杨骏把持着朝政大权，他忌惮各位王爷会发动变故，于是心生一计，秘密向晋武帝上奏说：“陛下龙体欠安，这是因为主上势弱而臣下势强。倘若陛下有个万一，又该如何控制局面呢？我认为应该分封各位王爷，让他们都督各个重镇，这才是万全之策。”晋武帝听从了他的建议，任命汝南王司马亮为大司马，都督豫州诸军事，让他镇守许昌；又将皇子南阳王司马柬迁徙为秦王，让他都督关中地区；任命司马玮为楚王，都督荆州；任命司马允为淮南王，都督扬州、江州诸军事，并且都授予他们假节的权力，命令他们回到自已的封国，没有皇帝的宣召不许入朝。此外，晋武帝还立皇子司马乂为长沙王，立司马颖为成都王，司马晏为吴王，司马炽为豫章王，司马演为代王，立皇孙司马遹为广陵王。
晋武帝将才人谢玖赏赐给太子司马衷，司马衷接纳了她，谢玖生下了皇孙司马遹。司马遹五岁的时候，宫中曾经在夜里失火，晋武帝非常惊慌，登上高楼查看情况。这时，皇孙司马遹牵着晋武帝的衣襟，将他拉到暗处，说道：“夜里发生火灾，情况紧急，应该防备意外情况，不能让火光映照到陛下您。”晋武帝听了这番话，从此对这个皇孙感到惊奇。第二天，晋武帝带着皇孙司马遹去观看猪圈，司马遹对晋武帝说：“这些猪已经很肥了，为什么不杀了它们来犒劳将士，却要让它们长时间浪费粮食呢？”晋武帝对他的说法表示赞赏，于是让人把猪杀了烹饪。晋武帝抚摸着司马遹的后背，对廷尉傅祗说：“这个孩子将来会振兴我们司马家。”第二天早朝的时候，晋武帝对群臣说：“我的皇孙司马遹聪明异常，之前在火灾时他的提醒，以及后来提出烹猪的建议，都好像我朝太祖宣帝的才华。我看太子才能平庸，本来打算废除他。但如今看到皇孙如此聪慧，所以就不打算更换太子了。”于是群臣纷纷上前祝贺，高呼万岁。
晋武帝在凌云台大宴群臣。尚书卫瓘知道太子司马衷才能平庸，无法胜任处理国家政事的重任，每次都想向晋武帝陈述并建议废除太子，但一直没敢开口。在这次朝会上，卫瓘假装喝醉了，跪在晋武帝的床前说：“我有事情想要启奏陛下。”晋武帝问：“你想说什么？”卫瓘欲言又止了三次，然后用手抚摸着床说：“这个座位真是可惜了。”晋武帝心中明白他的意思，但故意说：“你真是大醉了。”于是卫瓘不敢再继续说下去。不过晋武帝心里已经清楚了他的想法，闷闷不乐地回到宫中，私下里对皇后杨氏说：“如今太子无法承担继承皇位的重任，这件事该怎么办呢？”杨后回答说：“自古以来，皇位的传承都是立嫡长子，不论其贤能与否，怎么能轻易改变呢？”当时晋武帝病情已经很严重了，他知道太子没有才能，但依仗着皇孙司马遹聪明机敏，所以才没有废除太子的想法。
晋武帝先采用了王祐的计谋，让太子的同母弟弟司马柬、司马玮、司马允分别镇守要害之地。又担心杨氏家族的势力过于强大，对朝廷造成威胁，于是任命王祐为北军中侯，掌管禁军。还为皇孙司马遹精心挑选了一批僚佐，因为散骑常侍刘寔志向品行清廉朴素，就任命他为皇孙的师傅，来辅佐皇孙。同时，晋武帝还分封了一些宗室成员。
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淮南相刘颂向晋武帝上疏说：“陛下以往的法律禁令一直比较宽松，不能立刻进行彻底的变革。然而，矫正时弊也应该循序渐进。这就好比行船，如果不直接横截快速的水流，而是逐渐地顺着水流的方向，慢慢地朝着目标靠近，这样才能最终到达彼岸。我认为，为了国家的长治久安，没有什么比分封宗室和贤能之人更重要的了。但应该仔细考量形势，要让那些遵循道义的诸侯，其力量足以维护京城的稳定；而那些包藏祸心的诸侯，其势力又不足以发动叛乱。陛下应该与那些通晓古今的有识之士共同谋划这件事。周朝时，诸侯有罪，只是诸侯本人被诛杀，而他的封国仍然存在；汉朝时，诸侯有罪，或者没有子嗣的，他的封国就会随之灭亡。如今应该借鉴周朝的做法，摒弃汉朝的弊端，这样才能使国家的根基稳固，君主的地位安全。天下如此之大，事务如此繁多，所以圣明的君主会在上面掌握关键，将具体事务委托给下面的官员处理。这并不是因为君主厌恶劳累而喜欢安逸，实在是因为这样的政体才是合适的。
根据一个人处理事务的表现来判断他的才能高低，这是非常困难的；而根据事情的成败来论定功罪，这就相对容易多了。如今陛下在选拔人才时，只注重开始时的表现，却忽略了对其最终结果的考察，这就是朝政不够完善的地方。君主如果真的能够掌握大局，在事情成败之后再考察功罪，那么朝廷上下就都能各安其位了。古时候，六卿分别掌管不同的职责，冢宰是其中的正职。从汉朝以来，凡是各个部门的执事，都由丞相总领。如今尚书决断事务，各个卿官只是奉行成命，这与古代的制度相比，尚书的权力太重了。应该将一些事务交给外寺处理，让他们能够有一定的自主权。尚书则统领着国家的纲纪，在年终时考核功绩，核对簿册，然后进行赏罚，这样做就可以了。如今，所有的事情都要向上级请示才能决定，所以上级如果出现失误，就不能再怪罪下级。到了年终，如果事情没有办成，也不知道该责罚谁。一些细微的差错和不实之事，这是人之常情中必然会有的，如果都用严苛的法律来惩处，那么朝野上下就不会有完美无缺的人了。近代以来，担任监司的官员，大多是在大的方面不能整顿，却对细微的事情斤斤计较。这都是因为他们害怕豪强，又担心自已的职责没有履行到位，所以就制定严密的法律来搜罗细微的过错，使得这些奏报接连不断，表面上看起来好像是在公正地履行职责，实际上却扰乱了法律。
因此，圣明的君主不会喜欢那些琐碎细密的案件，而是一定会要求奏报那些凶恶狡猾的重大案件，这样一来，政治中的奸邪之人自然就会被擒获。开创基业的功勋在于建立教化和制定制度，让先辈的遗风能够维系人心，留下的功业能够匡扶幼弱。后世之人凭借这些，即使君主昏庸，国家也能保持清明；即使君主愚昧，国家也能显得有智慧，这样的基业才是值得推崇的。至于那些修缮官署之类的各种工程，这些都是陛下将来不需要亲自去做，而自然会有人去完成的事情。如今却因为这些不必要的举动，伤害了国家所依赖的根本，我私下里认为这是不对的。”
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