三省枢使谏官
三省指的是尚书省、中书省和门下省。枢密院在国家建立初期是遵循唐朝的旧制度，在中书省的北面设置了枢密院，现在枢密院在都堂的东面，枢密院的上面是枢密使下属各部门办公的地方。枢密使通常由宰相兼任，从枢密院知事以下的官员，都在都堂处理公务。中书省和枢密院在和宁门的北面，原来是福宁寺的所在地。枢密院后面建有经武阁，用来收藏军事经典和战略要文。中书省和门下省的后省在都堂的后面。谏院在后省的西面。检正左右司在谏院的东边。承旨、检详和编修等官员则在枢密院办公。三省枢密院的监门位于大门的南面。三省枢密院的档案架在制敕院的后面。御史台位于清河坊内，朝北，这是为了体现其严肃的意义，里面有朝堂，也就是台厅。自绍兴年间以来，没有设置过对台。如果有御史台的臣子需要审判案件，就到大理寺进行审问定罪。
六部
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六部位于三省枢密院的南边。六部的中堂被称为“论思献纳之堂”。吏部负责天官的事务，按照唐朝的制度，根据文武官员的情况，分左右铨选进行命名：尚左、尚右、侍左、侍右、司封、司勋、考功，这七个部门负责文武官员的选拔推荐和到部门的推赏等事务。户部，被称为地官，也被称为民部。它负责管理天下州郡的财赋，负责财务的消耗和增加，仓库的空虚和充实的事务。礼部被称为春官。它负责管理礼仪，讨论古代的法规和制度，研究典礼。
它还负责大型的朝聘礼、庆祝朝仪、皇帝的生辰圣节、元旦、冬至、朝会、祭祀天地祖宗的典礼，以及赐给家庙的祭器等事务。兵部被称为夏官。它负责管理兵伍、厢军、武举、投试武艺、金吾街仗人司兵等事务，还负责大将出征、告庙、破贼、露布、卤簿、字图等事务，同时管理归附的少数民族，以及授官封爵等事务，还负责管理天下地图、堡寨、烽堠等事务。兵部也被称为驾部，负责管理车辆、马匹和其他牲畜、以及乘具传驿的事务。兵部还被称为库部，负责管理军器、仪仗、卤簿、法式，以及随军攻城所需的物品和供帐的事务。这些是由四个部门主要负责的事务。刑部被称为秋官，负责管理刑法的轻重，民众的诉讼疑惑，以及重刑的判决等事务，还负责官僚的法律审判。
刑部负责处理民众的生死大事，解决各地的诉讼和刑事案件，确保公平正直，向天庭报告以尽其职责。根据唐朝的制度，刑部被分为四个部门：刑部、都官、比部、司门。工部被称为冬官，负责管理工程标准，以及全国的屯田、文武官员的田地、京都的道路关卡花园、山泽草木、打猎捕鱼、运输等事务。根据唐朝的制度，工部有四个部门：工部、屯田、虞部、水部，这些都属于工部的总管理范围。
六部监门
六部监门这个机构，设在六部大门的左侧，它所负责的事务都隶属于六部。各部门人员出入的时候，都要听从上面的检查和询问。监门的职责，到这里就变得更加重要了。他们要执行各司的命令，纠正小官吏的过失，帮助长官进行裁决，以遵从长官的意愿。六部架阁这个机构，它的仓库在天水院桥，负责管理六部的文书，以及二十四司的档案。因此，官府设置仓库来管理架阁，以确保没有任何失误。
诸寺
太常寺位于罗汉洞，主要负责掌管礼仪，讨论历史典故、祭器和相关的礼仪、乐器等事务。寺内有一座昭勋崇德阁，在阁楼上有功勋卓著的文臣武将的画像，其中包括赵韩王普等二十五位大臣。
宗正寺玉牒所，它位于太庙的南边。“玉牒”是建立的机构，由重要官员负责，并有其他官员兼任修撰工作。从宗正卿以下的官员，都会参与编写《宗藩庆系录》、《仙源积庆图》等书。这些书的审核官员也会兼任其他职务。
大理寺位于仁和县西边，设置有卿、少丞、簿、评事、司直等官职，还有管理监狱的都辖推吏等人员。他们的家属都住在寺内，以便严格控制出入。大理寺的主要职责是掌管朝廷的刑法，依法判决，处理监狱相关的事务等。
司农寺位于保民坊内。按照国家规定，户部负责国家的财政管理，而司农寺中的列卿、少丞、簿等官员则协助管理，比如各州府县每年上交的供品，以及高级官员和军队的军粮等，都由专门的官员负责，下属的官吏会到各地的州县去征收，以确保按时供应。
太府寺也位于保民坊内，这个机构源自《周官》的职责。总共有二十四个分支机构，如军队和各部门粮食审计的四院，左藏的两个库，购买和销售场所，编奎两个部门，和剂惠民四个局，以及祗候钞引院等，都归属太府寺掌管。
秘书省（国史敕令附）
秘书省位于天井坊的左侧。这个机构在东都时被建在皇宫之中。绍兴年间，在殿司寨原址上建立了秘书省。秘书省的大殿上悬挂有匾额，写着“右文之殿”。秘阁位于这个大殿的后面，专门用于存放皇帝御用的书籍、法制的书画以及古代器物等。在大殿的两侧走廊里，陈列着历朝历代的皇帝敕令、石刻国史。实录院位于大殿的东侧，而提举官阁则位于西侧。道山堂坐落在秘阁的后面。
秘书省的东西两侧分别设有两个阁楼，是监丞和少监的办公地点；丞簿和馆职人员的办公地点则分布在两廊堂的前方。著作庭位于道山堂的后面，庭内设有小轩，其中摆放着石刻的苏东坡画竹。在庭院的西侧，有四个阁楼，分别是著作和著佐的办公地点，也是存放《国史》和《日历》的地方。在著作庭的东侧走廊里，有一个名为“汗青轩”的地方，是负责编纂《会要》的办公地点。
在著作庭的西侧走廊，设有《日历》、《会要》和其他经史诸子书籍的库房，一共有七个库，都位于大殿的外面。东西两侧的书籍库房则位于著作庭的右侧。后面的园子里有“群玉堂”，堂内以苏东坡的真迹画竹作为屏风。园中还有蓬莱亭，亭前有一个水池，水池上架设着石桥，水池中还堆叠着山石。另外，还有六个亭子，分别名为芸香、席珍、方壶、含章、茹芝、绎志。蓬莱亭的旁边还有射圃。在含章亭的后面，有浑仪的基座，这是古代天文学家用来观测星象的仪器。
敕令的办公地点位于侍郎桥的南侧，这个机构专门负责详细修订和编纂各个部门的敕令，目的是要严格遵守法律制度，并广泛吸纳贤才。
诸监
国子监位于纪家桥太学的旁边，设置了祭酒、司业、丞、簿等官职，专门负责管理天子的学校，承担训导学生的职责。他们全面负责国子太学的事务，制定学生出入的规矩，组织考试并遵循训导，还包括天子视察学校，皇太子入学等礼仪事务。国子监的大厅里绘制有《鲁国图》。大厅的东西两侧是丞簿的办公区域，后面设有书库管理员的位置。大厅中间是讲堂，墙壁上绘制着《三礼图》，这是沿用了至道年间的旧例。这里有一个花园亭子，匾额上写着“芳润”，隶书古体的匾额是由丞钱闻诗所写。书板库位于中门之内。
将作监位于保民坊，设置有监、少丞、簿等官职，主要负责预算和监造，政府经营的房舍都归其管理。这一制度是沿袭了汉朝的将作大匠制度，该制度又是沿袭秦朝的官职，也类似于少氏设立五雉为五工正来制造利器的制度，以及唐虞时期的共工和周朝的考工职务。
军器监也位于保民坊，设置有长贰、丞、簿等官职。其运作大致上与唐朝的《唐六典》所记载的官职没有区别，主要负责制造御用的军器。此外，还另外设置了提举、提辖等官职来监督这项工作。近年来，这一职务专门委托给了殿岩，而军器监本身的职责变得更加精简。
大宗正司
大宗正司设在天庆坊内，是在魏宪惠王府旧址上建造的。它的职责是管理皇族亲属和宗庙的事务。从汉、魏、隋、唐到宋朝，这个制度一直都没有改变。大宗正司由皇族中地位高、德高望重的人来领导，同时本族的尊贵成员会担任本司的判官，还会增设同知这一职位来辅助工作。大宗正司设有一个阁楼，匾额上写着“属籍之阁”，从这里可以看出皇族亲属繁衍昌盛的情况。
省所
茶盐所、会子所、公田所、封桩安边所，这几个机构都设在三省大门里面。这些机构的职务由都司官员兼任提领。过去有安边所，嘉定初年创立的，专门负责拘捕罪犯并登记没收罪犯家产。还有市榷所、牙契所，但后来因为办事的小吏们营私舞弊，差役们繁杂骚扰，于是废除了市榷所、牙契所的名义，将其归入封桩所一并管理。现在又创立了市舶所，政府发现了官吏的奸恶，也被撤销了。
六院四辖
登闻检院和鼓院，最初在和宁建立，后来迁移到丽正门左右阙庭（“庭”这里应作“亭”）的南面，左面是检院，右面是鼓院。按照唐朝的旧制度，设置了四个意见箱来传达下面的情况，名叫崇仁。还有司谏负责申明，招揽贤才，按照规章制度，以便四方的贤才能上报他们的意见。都进奏院位于朝天门外，负责处理国家传送的事务，管理并协调各道传递官兵，就像《周官》中的行夫那样。官告院位于各个部门的北面。从一命以上的士大夫到公卿王爵，从有一资以上的军卒到节度使，他们的任命都由官告院负责。如果是文职，就由吏部负责；如果是武职，就由兵部负责。宗室亲属及有封号的妇女，由司封管理；考核功勋，由司勋掌管。这四个部门，都集中在本部发布告命。元丰改制后，全部转交吏部处理文武官员的任命文书，而蕃官隶属于兵部。此后，这些都归吏部右选管理。
文思院位于北桥东面。根据京都旧制，监官分为两个界别：上界负责制造金银珠玉；下界负责制造铜铁竹木等杂料。然而，两个界别的监官官邸，不得靠近本院的邻墙居住，这是为了防止欺诈行为。金银珠宝的精巧制作，彩绘装饰等，如车舆、礼仪器具等都隶属于此。
诸司诸军粮料院位于洋沙坑的七官宅废屋。诸司诸军察计院位于保民坊内的旧马军教场。像粮料院这样的机构，是各司各军领取俸禄的地方，尤其需要严格管理，设立官吏，让他们专心致志，确保支出没有差错。审计院则负责从宫禁朝廷百官到内侍御士，以及各军兵卒，所有享受俸禄的人，都要按照规定的格式和法律审查他们的名额。如果有需要特别召见的人，只有在祭祀天赐之礼时才给予赏赐。如果有疑问的俸禄，就下诏依法处理。所有各方的财政记录，上报给大农，然后进行汇总。如果有部门需要商议调度和赋税，就要征询意见。
榷货务和都茶场都在桥东。这是因为国家初期遵循唐朝的制度，过去有九路的漕运，可以直达淮河，去的时候带货茶，回来的时候转运盐。各路都留有仓库。官员交纳钞票，以方便商人。只要钞票的法规通行，就设立专职官员来主管。随着事务的增多，官员的选择就变得非常重要了。
杂买务和杂卖场都在榷货务内。唐朝的制度称之为“宫市”，宋朝初期为“市买司”。太平兴国年间，才更名为杂买务。负责宫中的买卖，并平衡价格。南渡后，各部门合并于此。所有宫中的每月用度，朝廷的纸张，文思院的制造，药剂的调配，封存的积累，都要按时估价，记录数量，然后出售。又设置提辖，以总管这些事务。
左藏库有东西两个库，位于清湖桥。又在韩蕲王所捐献的府邸地基上建库。东库掌管钱币丝绸等物品，西库掌管金银、证券、彩色丝绵等物品。因为朝廷的开销，多用于养兵。蜀地和湖州的军饷，江淮的赋税，都归入四总。给各屯军发饷，东西两库每年收入的绢帛约有一百四十万，以缗计算约有一千万，其中七成用于大军开支；宫禁百官俸禄只占三成。如果有额外的巨额费用，就向朝廷申请，往往从内库支出，以弥补缺额。
封桩上库位于三省大门内。封桩下库位于左藏库中门。安边太平库位于下库的南面。封桩上库始于孝庙时期，以备紧急情况下支用。又将户部的钱物隶属于本所，因此有上下库的区别。上库的专项资金包括折帛、总制增盐三分、盐袋增额、不排办人使等。下库的专项资金包括煮酒酒息、营田盐场、芦柴坍江、江沙田额、五厘关子等五项。中间因为文书传递缓慢，漏洞很多，各郡的税额亏损很多啊。
三衙
殿前司位于凤凰山的八盘岭中，设有衙门。那里有御书阁、凝香堂、整暇堂。山上有个月岩，还有一座名为“延桂”的亭子，最高处则有一座介亭。这里的山石嶙峋奇特。介亭后面是冲天楼，这座楼非常高，站在楼上，江海湖山的壮丽景色可以一览无余。
侍卫马军司原本驻扎在建康，由行司边帅兼任管理。原来的帅府衙门设在保民坊内，后来被改成了寺庙和官府公用的建筑。侍卫步军司则位于铁冶岭的西边，衙门内有御书阁、湖山堂、锦绣楼和相公井。
职门位于和宁门外，主要负责掌管朝见皇帝、朝贺、上殿、排班、上官等礼仪规范。职门里有知事、簿书、宣赞以及门祗候、寄班等官职。
四方客省馆位于东华门的北边。客省主要负责接待圣节、建奉香以及接收祝贺的表文，还负责外国使节往来接待的礼仪。四方馆则主要负责接收各州府郡在月初、月中和年终的祝贺表文，以及大礼的祝贺表文等事务。
御前忠佐军头引见司位于文思院的后方，设有内等子营。正厅设有知提点幕官，以大使臣作为干办司的官员。
监当诸局
车辂院位于嘉会门外，这里设置了库房来存放玉辂和平等车。御前军器制造所在礼部贡院的西边，后来归属于殿司所管理。这个机构每个季度都会制造一些军器，并把它们存入库房。万全有三个指挥部门，东西两边分别设有两个营地，都位于御前军器制造所的东北方向。编估打套局则设在左藏库门内。
惠民利剂局位于太府寺内的右侧，主要负责制药以供民众使用。惠民局则会准备解暑和防寒的药品，以备朝廷赏赐之用。太平惠民局设有五个分局，用来储存成药，并通过合理的价格销售给民众。南局位于三省前，西局在众安桥的北面，北局在市西坊的南面，南外局在浙江亭的北面，还有外二局位于北郭税务兼领惠民药局。
草料场设在天水院桥的西边，有十个仓库，用来接收京畿地区交纳的稻麦豆等农作物，以供应骐骥院、御马院以及三衙高官的马匹所需。合同场位于过军桥下，负责管理茶和盐的票据合同。会子库则设在榷货务，隶属于都茶场，完全仿照四川的钱法来运行，由都司官员负责管理，每天有二百零四名工匠从左边的国库领取材料，印制的会子都归入库中。
造会纸局原先设在赤山湖滨，后来在徽城和成都都有制造点，并使用“蜀纸”进行解送。但由于路途遥远，供应不便，于是朝廷下令在杭州的九曲池设立造纸局，后来又迁移到现在安溪的地方，仍然由都司官员负责管理。现在工作的工匠每天有一千二百人。交引库位于太府寺门内，专门负责印制茶和盐的票据，需要丞相和主簿签字画押。
法物库位于梅家桥的北面，负责管理祭祀用的法服、朝服、冠帽、腰带和鞋子等物品，以及大礼时使用的旗帜和衣衫等。这个职位由内侍来担任。度牒库位于油车巷，负责管理僧侣和道士的敕令文件。市舶务则设在保安门外的瓶场河边，负责接收和检验从海外来到杭州的商人的凭证。另外还有一个新的市舶务设在梅家桥的北面。
司农排岸司位于前洋街，负责管理和检查各州郡按规定时间运送的货物，并查处其中不合格的部分。三省枢密院的激赏钱库位于俞家园，而激赏酒库则位于钱塘县的南面。左右骐骥两个院落在漾沙坑，两个院落共养有定额的二十四匹马。每个月朝参时，各院都会选出三匹御马到和宁门南向站立，朝拜结束后便返回各自院落。
象院位于嘉会门外，御马院负责喂养安南王进贡的三头大象。左右骑御直位于七官宅山上，而左右教骑营则分别设在丽正门的左右两侧。御马院使臣营也设在嘉会门外。牛羊司则位于榷货务的后面，负责管理御用的膳食以及祭祀用的牲口。此外还有一个涤宫设在六和塔的南面。
诸仓
省仓上界在天水院桥的北面，粮仓有八个储粮单位，用来存储浙右地区的米，这些米用来充当贡品以及供给宰相、执政官员、百官、亲王、宗室和内侍。同时还供应给王城值班人员及省部职员。省仓中界在东青门外的菜市塘，有三十七个储粮单位，全部用来储存浙右地区的苗米、经常收购的米、公田的储备米等，以供朝廷的开支、农寺的分配。凡是各军、各司、太学、武学、宗学和各机构、各部门工作的役夫等人都可以得到供给。省仓下界在东仓铺，建立在旧址之上，面积很广。朝廷进行了重新修建，规模缩减了三分之二，建造了八十个储粮单位。丰储仓在仁和县侧仓桥的东面，因为公田面积广阔，各个粮仓无法全部存储，因此又增设了丰储仓，建成了一百个储粮单位。
丰储西仓在余坑门外佐家桥的北面，有五十九个储粮单位。端平仓在余杭门外的德胜桥东面，原来是用来储备漕运来的粮食，后来归属农寺，由京局官员领导管理。咸淳年间进行了重修，有木造的亭台，匾额上写着“介然”，这是取自太仓的箴语，并且这段箴语被刻在石碑上。有五十六个储粮单位。淳仓在余杭门内斜桥的南面，最初是储备向帅司出售的米，之后朝廷调拨用于赈济出售给百姓，之后交给农寺以供给各军各司。有一百个储粮单位。
平粜仓在仙林寺的东面，建立之初是用来存储临安的米，现在农民的米也存入这个仓库。咸淳仓在东青门内后军寨的北面，朝廷提议增建仓库，以存储公田每年收入的米。朝廷买下了废弃的琼华园圃，并接管了内酒库的柴炭房，隶属于帅司，建造了一百个储粮单位，每年储存公田的米六百余万石。所有仓库的物资装卸，都有专门的装卸指挥兵士负责，这些兵士按月轮换，都来到仓库服役。装米的袋子有租赁的应付使用。如果遇到支取粮食的日子，仓库前就会形成市集，水陆路都会堵塞。各军校分配粮食，不允许雇人搬运，必须亲自到仓库中扛出仓外。这是祖宗立下的法规。
内司官
内侍省中包括知省、都知、御带、御药、苑使、门司、殿长、长、内辖、内监丞、受随都知、下都监、仪令、上名、扶持直掌、权苑提举、提辖、御前诸宫观提点、皇城司、御辇马、御马院兼提举、诸内司、库藏司所等职务。还有一百名听候差遣的侍从，四名团练，两名攒宫宫使，以及一百名随从指导小直殿。内宫中还有许多散祗候，数量不详，但他们各自都有特定的职务名称和主管的事务。
内诸司（奉安）
皇城司的机构包括：禁卫所、符宝所、主管大内钥匙库、御药院、内东门司、内通进司、御前军器库、睿思殿库、内藏库、奉宸库、内军器库、南廊库、安放库、生料库、果子库、香药库、进奉库。而殿中省的机构则包括：后苑、御膳所、御厨、六尚局、翰林司、仪鸾司、八作司、修内司、御前内辖司、东西库、南北库、四仗库、法物库、蜜煎库、内司纲房、青器窑、内司备内库、御前应奉所、万寿香所（也有称作“万寿宫所”）、御服所、裹御所、丝帛所、腰带所、八作司、意思房、灯局、御马院、教乐所、天章阁、乐器库、翰林书艺局、道场库、祗候库、御醋库，还有主管往来国信所。东库的机构有：御辇院、车辂院、皇城辇宫营、骐骥院、教骏营、骑从马院、象院、大辇院、内辖司、濠寨司、织染所、奉安所、御酒库，还主管翰林医官局、太医局、合同凭由司、良马院、使臣院、快行营、黄院子营、皂院子营、轻库。外库的机构则包括：御前诸宫观官、太庙营、景灵万寿宫、老儿营、慈元殿库、皇后殿库、吴益国位库、淑妃昭容修仪美人才人诸位库。这些机构大多由内侍官兼职提点、提举等职务。此外，皇城司、御马院、象院等机构由知御带环卫官兼任领导职务。而其他的外库院干办官员，则由右选官来担任。
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