一年后，科学家发现微波背景辐射发生了大幅的改变，红移的数值发生了大幅的减少。随后地球联合政府发表了声明，告诉全人类他们已经进入了一个真正的宇宙，世界不再是虚拟的了。
人类从虚拟世界中出来，进入了一个特地为他们准备的宇宙。这是上帝文明送给全人类的礼物。
天文学家通过望远镜观测到了比以前更远的星系，最远的大概有九百多亿光年，再往外就是上帝文明说的宇宙的边界了，边界上有什么暂时什么都看不到。一到了夜晚，几乎所有人都跑到外面仰起头去数星星，看看是不是比之前多了。其实肉眼所见的天空跟之前没什么差别，本星系群以外的星星都离得太远了，肉眼是看不到的。
李思明和墨梅继续着他们平静的生活，直到他们的儿子李永乐回来。
李永乐在小行星带附近的空间站内工作，这个空间站是一个大型的冶炼工厂，加工小型带上的矿石，为附近的其他工厂提供原材料。
这次回家他是来跟父母告别的。
之前出发的几百艘光速飞船每一艘都是一座小型工厂，每个组五艘飞船就可以组成一个相对完整的工业体系。这些探险的飞船飞向了宇宙的不同方向，路上发现了许多虫洞，其中一组暂停了原本的航行计划，在一个虫洞附近的星系停了下来，一边研究虫洞，一边收集材料准备建造可以通过虫洞的飞船。很快地球设计出了可以通过虫洞的飞船，同时也把飞船的改装方案给了他们。他们的飞船设计的时候考虑了升级问题，通过增加一个船壳和一个可以使飞船通过虫洞的装置，他们的五艘飞船都可以改装为可以通过虫洞的飞船。
改装很顺利，实验也很成功。他们发现这个虫洞连接到宇宙深处的一个大质量黑洞附近，这里有很多年轻的恒星，似乎这里是创世大爆炸白洞的遗骸，白洞喷发完物质后消失了，不过在附近产生了一个黑洞。黑洞附近有很多虫洞，他们穿越了很多虫洞，发现大多数虫洞都互相交织在一起，围绕着黑洞。在众多虫洞中，他们发现了一个小虫洞连接了这个黑洞的虫洞，他们通过这个虫洞到达了一个新的宇宙，这个宇宙似乎就是上帝宇宙。他们的飞船只有五艘，很难展开大规模探索，所以地球决定新建一百艘飞船，到这个新的宇宙里面探险。
李永乐已经报名参加这次探险行动。这次发现的这个黑洞距离地球有二十亿光年远，通过虫洞也要好几年才能到达，所以李永乐来跟父母告别，他下次回来的时候也许是几十年之后了。
李思明和墨梅听到这个消息又高兴又难过：高兴的是李永乐成为探险队一员，这是非常光荣的；难过的是这一别也许是永别，未知的世界充满了危险，探险者一不小心可能就消失了。
李永乐将在两个月后出发。
这期间，李思明和墨梅一直商量重回太空，最好可以去新的宇宙，不然他们可能再也见不到李永乐了。
李思明向太空部递交了参加探险的申请，太空部很快给了回复：欢迎他们参加探险活动，并且将会让他们驾驶经过改装的创世方舟号。
李思明和墨梅将带着他们的女儿李婉瑜一起踏上新的征程。
脑机接口技术成熟后人类的学习成本大大降，需要的知识可以通过脑机进行传送，中小学学校几乎在一夜之间都消失了，很多大学也受到了严重的影响。中小学教师几乎全面失业，大学教师也有将近一半丢了工作。教师这一名词几乎消失。大学里面剩下的几乎都是纯科研人员，学校失去了教书育人的作用。后来就是人类大部分进入虚拟世界，上帝文明的出现刺激虚拟世界人类回到现实世界。人类开始反思脑机接口取代学校的坏处：经过十几年基础教育的人中有很大一部分会形成相近的世界观价值观和人生观，这些人很大一部分成了社会精英；而没经过十几年基础教育的人在通过脑机接口学会了知识后，进入虚拟世界的比例更高。脑机接口的普及是人类进入虚拟世界的必要条件，也是人类不愿走出虚拟世界的重要原因。政府经过研究后认为必须恢复基础教育，所有孩子都必须接受基础教育，正常情况下高中毕业之前不允许他们通过脑机接口获得知识；高中毕业后根据情况接受本科或更高级的教育，本科以上阶段才有机会通过脑机获取知识，不过还是有很多课程必须亲力亲为。
这个时代亲自赡养子女的父母不多了。婚姻早已经消失，新生的孩子很多都是由政府统一养育——说是孤儿院并不准确，大部分孩子都知道自己的父母，父母一方或双方随时都可以带孩子回家；由于婚姻关系在法律上消失了，父母一起养育孩子并不多见。还有的父母虽然同居在一起，但是生完孩子后立刻把孩子交给政府，等孩子大一些了再接回家。更多的是父母双方早已经有了新生活，他们的孩子大部分时间都要呆在政府组织的养育院里。
婉瑜是幸运的，他一天都没去过养育院。其实照顾孩子的机器人是很普及的，很多父母还是把孩子交给养育院，这在李思明看来简直难以理解。出发之后大部分时间李思明他们三人都在冬眠，他们将在之前创造的虚拟地球上生活，婉瑜的教育将由他的机器人保姆负责，这意味着李婉瑜将在创世方舟号上度过整个少年时代。
经过改造的创世方舟已经是光速飞船了，也具备了穿越虫洞的能力。其实，除了上面的花园和一直进化的AI，创世方舟在硬件上几乎是全新的。虽然船体比之前扩大了一倍，但仍然比新建的光速飞船小很多。
最早出发到达上帝宇宙的五艘探险飞船通过虫洞到了新宇宙的很多地方，他们绘制了新宇宙的一部分星图，证实这就是上帝所在的宇宙，不过他们并没有找到上帝。看来上帝们动作很快，已经进入更高的四维宇宙了。
新建的一百艘飞船将被分为二十组，每组五艘。这二十组飞船将飞往不同的方向，一边绘制星系图一边寻找适合人类生存的星球。
创世方舟和李永乐所在的一组飞船一起出发，到达上帝宇宙之后他们将驶向地球方向，去地球上做详细的调查。
距离出发还有一个月的时候，李思明和墨梅接到了可以登船的通知，这一个月时间是留给他们适应飞船的。之前他们就收拾好了东西，把所有能带走的东西都打包好了。接到通知后，他们很快把房子交还给政府，出发去飞船上。
创世方舟已经在地球同步轨道上等待他们了。
人类在喜马拉雅山上建设了一个超高的发射装置，这个发射装置其实就是一个超大号的电磁弹射装置。人类在山体上挖了一个很深的坑，又在坑上面盖了超过两千米的发射井，发射井里面放了线圈，最后把整个发射装置抽成真空，通过电磁弹射发射火箭，这样节省了大量燃料。
李思明他们四人一起乘坐一艘小型火箭飞向了太空，经过几次变轨他们来到了创世方舟边上。李永乐也将乘坐创世方舟，一起到小行星带附近的飞船工厂之后再去报到。新建的一百艘探险飞船都停泊在工厂周围。
方舟到达小行星带只需要一周时间。这一周李思明他们没有冬眠，一家人难得聚在一起，他们每天除了吃饭就是聊天，李永乐已经很久没回家了，他对地球已经有点陌生了。他看着远去的地球，听着父母给他讲地球上的事情。突然，一阵悸动袭来，之前他对这颗蓝色的星球有些陌生，他出生在太空，8岁之前方舟就是他的家；回到地球上之后他花了很长时间才适应地球上的生活。成年之后他又回到了太空，仿佛他的人生属于太空。但是今天当他突然意识到自己也许再也回不了地球，他突然有些不舍。那里有他少年时代的记忆，少年时代的家。少年时代他一直跟父母在一起，没有冬眠，时间过得很快；这也是他最快乐的十年——除了远离太空之外。
李思明和墨梅注意到了李永乐看着地球出神，他们突然也意识到他们可能再也回不去了。
李婉瑜看着这颗蓝色的星球突然问：“蓝色的是什么？”
“是海洋。”李思明回答。
“哇，原来地球是水球啊。”
墨梅抱起女儿，轻声说：“对不起。”
“为什么说对不起，妈妈。”
“我们也许再也不会回去了。”
“为什么不回去了，我想家。”
“有爸爸妈妈哥哥在的地方就是家”李思明说。
到达小型带之后他们就忙了起来，除了婉瑜之外所有人都要参加培训，毕竟飞船是全新的，应用了很多新的技术，所有人都必须重新熟悉飞船。
一个月后，宇航部给出征的所有队员举行了一个简短的出征仪式，之后舰队浩浩荡荡出发了。
舰队首先向着波江座方向前进10光年，依次进入一个小型的虫洞，出来之后他们到达了银河系中心的黑洞附近，再航行35光年到达一个小型虫洞，这个虫洞连接着银河系核心黑洞的大虫洞，通过这个虫洞他们到达了宇宙深处的那个大质量黑洞。这是新发现的航路，可以节省很多时间。之后航行55光年就到了去往上帝宇宙的虫洞。算上在虫洞里航行和路上补充反物质的时间，他们要105年才能抵达“上帝虫洞”——后来人们都是这么称呼这个虫洞的。穿过虫洞进入上帝宇宙之后，上帝宇宙的地球离他们足有两千多亿光年那么远，路上虽然肯定有虫洞可以穿越，但是面对这个全新的宇宙，他们需要一点点探索，也许他们永远也到不了，冬眠技术再先进，人也活不了两千亿年——如果不考虑虫洞的话。
去往上帝虫洞的路上还是比较顺利的，虽然地球上已经过去了一百零五年，但是对于李思明他们来说，这段路程只有几个月而已；而且这几个月他们还都处于冬眠状态。舰队整体都处于AI控制的自动驾驶状态，等他们到达上帝虫洞再叫醒他们。
几个月后101艘飞船组成的舰队到达了上帝虫洞，舰队的所有成员纷纷苏醒过来。舰队的旗舰“量子宇宙”号发射了一颗地球样子的小卫星，这个小卫星纪念他们将于今天穿越虫洞前往另一个宇宙。之后101艘飞船依次进入上帝虫洞。一般飞船在虫洞内航行时间短到几秒钟，长到几小时的；这个上帝虫洞通往另一个宇宙，穿越虫洞的时间几乎是零——他们的飞船刚刚进入虫洞就到了上帝宇宙。
一周后舰队全部脱离了虫洞。创世方舟是最后进入虫洞的，也是最后出来的。当创世方舟离开虫洞后，舰队所有飞船立刻收到了一个信号，这个信号的发射源距离虫洞不过一百个天文单位。旗舰量子宇宙号决定立刻派出侦查卫星前往调查，卫星还没发射，舰队就破解了信号的内容：这个虫洞直接到达太阳系，后面跟了一个坐标。这个坐标距离舰队十光年。
舰队总指挥决定由第二十组六艘飞船执行前往“地球虫洞”的任务——后来人类这么称呼这个虫洞，毕竟原本前往地球的任务也是交给第二十组的，这里面包括创世方舟和李永乐所在的“深空无限”。
出发之前整个舰队一直等待着探测卫星发回的消息，结果显示信号源是一颗小型的卫星，应该是上帝人类留下来的；奇怪的是距离如此之近，最早到达上帝宇宙的五艘飞船没有发现它，而且这颗卫星之前也没有发射信号，难道它一直在等着谁？
舰队在旗舰指挥下分组出发了。每艘飞船都携带了大量探测卫星，发现虫洞之后先由卫星探路，根据发回的信息由每组的指挥官判断是否进入虫洞。
创世方舟和其他五艘飞船一起开启了曲率引擎，很快就到了信号源给出的虫洞附近，“深空无限”号作为指挥舰发射了一个探测器，他们等了几个小时，收到了探测器穿越成功的消息。其他十九组中也展开了探索，最远的一组已经通过虫洞到达了五万光年之外的另一个星系。
探测器又发来信息，根据信息判断，这个虫洞另一端的出口就在太阳系奥尔特云附近——所以后来人们才给这个虫洞起名叫做“地球虫洞”。6艘飞船立即启航进入虫洞，几个小时后，他们到达了上帝宇宙太阳系的奥尔特云。
李思明和墨梅他们做梦也想不到这么快又可以见到地球了。
深空无限、创世方舟和另一艘爱因斯坦号直接航向地球方向，其他三艘飞船分别前往火星，木星和小行星带，因为这三个地方根据探测结果存在人造的空间站。爱因斯坦号的目的地其实是月球，深空无限和创世方舟执行侦查地球的任务。
前往小行星带的牛顿号首先抵达了目的地，牛顿号发现了许多座空间站，这些空间站均匀的分布在小型带上，之前是上帝人类的采矿工厂。空间站的大部分系统被关闭了，已经停止运行，不过启动后马上可以开始运作。
前往木星的伽利略号也发现了许多座空间站，这些空间站的主要作用应该是收集木星大气的燃料。这些空间站也被关闭了，重启后仍然可以使用。
前往火星的霍金号发现火星已经被上帝人类开发完毕，上帝人类为火星制造了大气层，在火星上播撒了一片片森林；地表大部分被森林覆盖，城市大部分都建在地下。地下的城市基本完好，各种系统经过几个月的维修就可以维持城市的正常运转。
地球此时在太阳另一面，爱因斯坦号发现月球也被开发了，不过上帝人类没有在月球上制造大气，他们在地下建造了城市。
这个时候深空无限和创世方舟都来到了地球上空。
深空无限号的预定目标在地球另一面，一部分队员登上了创世方舟随着李思明他们一起降落。
正在这个时候，他们又收到了一条消息：到这里来！
李思明感觉这个信号一定是上帝宇宙发给他们的，他决定方舟首先前往信息发出的地方，方舟速度很快，没用多长时间他们就到了预定目标上空。这里是小兴安岭无数崇山峻岭内的一座小山峰，山上有一座看起来废弃了好久的基地，信息就是在基地内发出来的。
李思明和墨梅乘坐登陆艇降落了下来，深空无限号的船员暂时驾驶方舟去其他地方执行任务。
李思明和墨梅降落后走进了基地，他们发现这个基地的设备都很陈旧，有些设备甚至早于21世纪。
穿过一个个房间，他们到了一个大厅；途中每经过一个房间下一间都会亮起来，如果有两扇以上的门，只有一个房间会亮灯，灯光就是路标。他们进到了大厅里面，这个大厅之前是一个食堂，桌椅都被搬到一边；大厅中央有一个金属房子，目测高不到三米，长和宽大概是五米，对着他们的一面有一扇金属门。这个房子跟整个基地比起来太新了，一定是上帝人类走之前留下的。
他们走进金属房子，打开了金属门，里面并没有人；房间里只有一个沙发和一个桌子，桌子上面有一台古老的笔记本电脑。屋子的六面都被铜线包围，李思明一看这是个法拉第笼。他催促墨梅关了门，屋子自动调到了合适的亮度。
李思明走近桌子，发现电脑旁边有一张光盘。他很奇怪，笔记本电脑在他们的世界几百年前就消失了，光盘消失的更早，上帝文明难道还在用这些东西？什么信息需要在完全电磁屏蔽的笼子里传递？
李思明熟练地把光盘放进光驱，经过数十秒的等待后，他熟练地打开了光盘内的一个视频文件。墨梅看着李思明的操作也很疑惑。笔记本电脑和光盘这两样东西墨梅从来没见过，他只在虚拟世界内见过，他很好奇几百年前的人类就是这样使用电脑的，竟然还需要鼠标和键盘，叫鼠标是因为这东西长得像老鼠吗？用这些东西操作电脑已经很不零活了，竟然还需要使用光盘，一种读取速度极慢的存储设备。
光驱发出了马达的转动声，十几秒之后视频文件被打开了。上帝李思明首先出现在视频内。
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